Unga, även den andliga ledaren för Utahs Mormons bosättare, hade inte en hög uppfattning av federala officerare i allmänhet. Han kallade dem "hund och skunkar ... som skickas här av myndighetens myndighet att härska över män så långt över dem som de är över de låga och onda djur som de så troget representerar". Men Burr utgjorde ett särskilt hot. Han hade gjort sitt namn kartläggning stater längre österut, men hans uppgift i Utah var en helt annan typ av jobb. Han och hans män var avsedda att paketera landets territorium till tomter som kunde säljas eller bosättas, och till de mormonsamhällen som redan bodde på något av landet, var detta arbete ett hot. När den federala regeringen hade mätt marken under fötterna var det ingen garanti för att de skulle få stanna kvar.
I 1850-talet Utah "skapade ingen konflikt mer nöd än striderna över federala markundersökningar", skriver historiker och professor emeritus på Brigham Young University, Thomas G. Alexander. Under två år trak Burr och hans team trakasserier, spionerade på och anklagades för bedrägeri. På den tiden skickade Burr olyckliga rapporter tillbaka till Washington, varnade president Buchanan att Utahs mormoner förberedde sig för striden.
Bara två år efter att de anlände, efter att ha granskat 2,5 miljoner hektar - en liten del av territoriet - flydde Burr och hans team territoriet av rädsla för sina liv och Buchanan skickade i 2 500 trupper för att installera en ny guvernör.
Mormons bosättare kom först till Utah 1847, efter att kyrkans grundare Joseph Smith dödats av en mob i Illinois. Smiths anhängare hade bosatt sig i Illinois efter att guvernören i Missouri, deras tidigare hem, hade beordrat dem "utrotas." Young, gruppens nya ledare, bestämde sig för att flytta västerut till isolering och frihet i öknen. Inte länge efter att mormonerna bosatte sig vid Great Salt Lake tog USA i besittning av området som förstör av det mexikanamerikanska kriget, och kyrkans anhängare drevs återigen i förhandlingar och konflikter med osympatiska och ofta fördomade amerikanska politiker.
Trots att några bosättare hade bott på territoriet i nära ett decennium, hade de lite anspråk på det land de ockuperade. Den federala regeringen erkände fortfarande, till viss del, de lokala stammarnas landskrav, men betraktade sig slutligen som ägare till allt land i Utah. Trots att Utah-lagstiftaren hade skapat markanvändningslagar och auktoriserade länsundersökningar levde bosättare fortfarande utanför ramar som skulle göra det möjligt för dem att göra juridiska markkrav, så att landmäterens arbete var en källa till stor oro mot dem.
Young och hans allierade var inte fel att vara misstänksamma för Burr, även om de använde underhanded strategier för att bekräfta sina bekymmer. De avlyssnade Burrs brev och fann att han skickade klagomål till Washington. Salt Lake City, han kommunicerade, var större än en stad, det var tillåtet att vara under federal lag. Burr oroade sig också för mormonkyrkans makt och inflytande. Området gav kontroll över knappa resurser, såsom trädet som bara växer i kanjoner - till framstående mormonledare, som skulle hantera dem för det allmänna gott. Också ungefär en tredjedel av kyrkans medlemmar var tvungen att ge vilka juridiska rättigheter de kunde hävda på deras land till Young och kyrkan, ett arrangemang som Burr såg som en farlig sammanslagning av kyrkan och staten.
Efter att ha läst Burrs brev konfronterade han en grupp territoriella tjänstemän, däribland den skådespelare och den territoriella marshalen. Han behövde sluta skriva dessa bokstäver, de berättade för honom och "de skulle alltid veta om han gjorde det igen", enligt Alexander, historikern.
Samtidigt ledde mormons ledare sin egen epistolära kampanj mot Burr. Surveyor-General, enligt Young, "var aldrig något annat än en snuskig valp som snappar och biter på allt som kommer i hans väg ... svindlar regeringen i stor utsträckning, är all uppmätning som har gjorts av hans parti inte värt en groat . "Även om de skulle markera undersökningsraderna med permanenta monument, skrev Young," de håller ner små insatser som vinden nästan kunde blåsa över .... Inte en uppsättning av allt de gör kommer att lämnas för att markera var de har varit i fem år. "
Om Burr och hans team inte gjorde sitt bästa arbete, kan det ha varit delvis på grund av de hinder som de mötte från nybyggare. En landmätare, Charles Mogo, hade sina oxar stulna och var tvungna att gå ut på ett jobb med ett lag vaktar. De mottog rapporter om att mormonerna försökte vända inhemska stammar mot dem genom att säga att de skulle ta bort landet - vilket inte var felaktigt, även om det inte var det angivna syftet med undersökningen. I vissa fall, enligt Burr, avlägsnade fientliga mormoner enkelt markörerna som hans lag hade satt ner.
Snart eskalerades dessa spänningar i våld. En annan av Burrs undersökare, Joseph Troskowlawski, blev slagen nästan till förlamning. Söndag preken började nämna Burr och hans män på namn och inveigh mot dem. Burr snart lämnade och federala trupper kom in. Den resulterande konflikten, Utah-kriget, var inte exakt en styrka av Buchanans regering. Efter en tvåårig avstängning med Young och hans folk avslutade förhandlingarna konflikten och tog in en ny territoriell regering. Det var ett svart öga för presidenten, som anklagades för att agera i brådska och okunnighet, eller att han inte hade tillräckligt med försörjningstrupperna som han hade skickat.
Personalen Burr lämnade bakom gjorde inte bra heller. Mogo anklagades för att stjäla hästar och blev nästan stenad till döds av en mormonmobil. Han flydde - utan sin gravida fru. (Deras nyfödda son skulle senare dö på en kall och snöig resa för att gå med honom.) En kontorsarbetare, C.G. Landon, blev slagen med stenar och klubbar men lyckades fly. En mobb hittade honom två dagar senare hemma, i sängen, amma sina sår, och han var tvungen att hoppa ut ur ett andra våningsfönster för att fly. Han ledde, barfota, ut ur Salt Lake City och försvann. I månader hörde ingen av honom och han antogs död innan han äntligen visade sig några månader senare i Placerville, Kalifornien, hundratals miles bort.
Tillbaka i Washington försökte Burr förklara sig själv och bad om att återvända till sin post efter kriget. Men General Land Office avfyrade honom och fick sin ersättare, Samuel C. Stambaugh, undersöka anklagelserna för skummiga landmätningar. I sin rapport var Stambaugh inte snäll. Han fann Burr skyldig till "stor remissness ... att inte tillhandahålla korrekt kontroll av sina suppleanter" och undersökningarna själva felaktiga. Allt arbete var tvungen att göra över. Även om spänningarna hade försvunnit något, var den nya landmätaren inte mycket vänligare än Mormons intressen än Burr hade varit. Han rekommenderade den federala regeringen att inte sälja något land förrän kongressen "kunde inducera annan än Mormons utvandring till territoriet".
Det skulle vara ytterligare nio år innan den federala regeringen öppnade ett landkontor för att underlätta försäljning av mark till bosättare, långt efter grannregioner. Utah blev då inte en stat fram till 1896, igen år efter Dakotas, Montana, Idaho och Wyoming. Även då förblev den federala regeringen misstänkt för statens Mormons befolkning: Utah släpptes in i facket endast under förutsättning att kyrkans officiella stöd av polygami skulle avskaffas.