Den allmänt accepterade förklaringen av thylacins fastlandsutrotning har inneburit tre faktorer: människor, dingoes och klimat. Det har blivit misstänkt att klimatet spelade en mindre roll, och de där jungarna introducerades i Australien för omkring 5000 år sedan, och den växande befolkningen av alltmer sofistikerade människor utkonkurrerade thylacinerna som rovdjur. Den tasmanska befolkningen, skild från fastlandet omkring 14 000 år sedan, överlevde fram till 1936, då den sista kända individen dog i en Hobart zoo.
Men mitokondrialt DNA från 51 thylacinprover från Australien och Tasmanien föreslår att en El Niño-Southern Oscillation-händelse bidrog till fastlandets utrotning. De tidiga befolkningarna i Australien var genetiskt olika, men vädermönstret utlöste en rad långvariga torka som var särskilt tuffa på dem som bodde i torra västra Australien. Detta bidrog till deras utrotning, liksom den av fastlandet befolkningen av Tasmanian djävlar. Villkoren var lite bättre i Tasmanien - thylacinerna föll i antal, men började studsa för ungefär 700 år sedan - precis i tid för européernas ankomst.