Det ryska systemet mäter havsnivån från en tidvattensmätare som heter Kronstadt i St Petersburg, medan det europeiska systemet är baserat på Amsterdam Ordnance Datum, en mätare som har sitt ursprung i 1700-talet.
Skillnaden mellan de två mätningarna kan vara nästan en fot, så officiella höjningar över Estland måste ändras när övergången träder i kraft på nyårsdagen 2018.
En positiv effekt av förändringen är att byggprojekt som passerar gränsen till Lettland, som redan använder det europeiska systemet, inte längre behöver omvandlas. Dessutom kommer platser som Suur-Munamägi, Estlands högsta punkt, att få ca 8 tum, vilket gör den 1,041 meter hög. (Estland, liksom övriga Baltikum, är ett av de plataste länderna i världen.) Förändringen kommer också att sammanfalla med 100-årsdagen för Estlands självständighetsförklaring.
"Östersjöns höjningssystem från 1977 är föråldrad", berättade en tjänsteman för den nationella sändaren EER, med hänvisning till året det formaliserades, "och då är det önskan att vara i ett och samma system med Europa."